Errichtet von den Rittern desDeutschen Ordens, existiert von dem spätromanischen Kirchenbau heute nur noch das Westportal im Westturm. In der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts errichtete die Bürgerschaft Münnerstadts einen Neubau des Chors mit sieben aufwendig bemalten Glasfenstern. Tilmann Riemenschneider fertigte ein Retabel für den Altar. Dieser wurde von dem in Nürnberg ansässigen Künstler Veit Stoß im Jahr 1504 durch eine konventionelle Farbfassung ersetzt und mit Bildern, die den Märtyrertod des hl. Kilian darstellen, bestückt. Des Weiteren beherbergt die Kirche einen weiteren mittelalterlichen Altar aus Nürnberg, Terakottaskulpturen, Epitaphien adeliger Staatsbürger und eine freigelegte Grisailleausmalung aus der Zeit des Fürstbischofs Julius Echter. Aufgrund von diversen Schäden an der Bausubstanz erfolgen eine Sanierung des Dachstuhls und der Raumschale sowie Glaserarbeiten an den Chorfenstern.
Im Zuge der Innenrestaurierung des Kirchenschiffs und der Kapelle wird die historische Ausstattung auf Grundlage der Ergebnisse einer Voruntersuchung konserviert und restauriert. Die Bayerische Landesstiftung betätigt sich an der Maßnahme mit einem Zuschuss i. H. v. 66.000 €.