1237 erstmals urkundlich als Burg erwähnt und danach im Besitz von diversen Adelsfamilien (u.A. der Herren von Rechberg), ging Babenhausen im 15. Jahrhundert das Stadtrecht verloren. In diesem Zuge erwarb der 1530 zum Reichsgrafen erhobene Anton Fugger im Jahr 1538 die Lehensherrschaft über Babenhausen von Herzog Ulrich von Württemberg.
Im Jahr 1633 wurde das Schloss ein halbes Jahr lang von den Schweden besetzt, welche das Mobiliar nach Finnland schafften. Weitere Umgestaltungen und Neueinrichtungen der Innenräume, sowie eine Veränderung an der Fassade mit Anklängen an die Neugotik erfolgten im 18. Jahrhundert.1955 zog das Fuggermuseum, welches sich bis dahin in Augsburg befand, in das Schloss Babenhausen ein. Darin wird heute den Besuchern die über 600 Jahre andauernde Familiengeschichte der Fugger, welche durch ihre einflussreiche Stellung die Geschicke Europas maßgeblich prägten, nähergebracht.
An den im Laufe der Jahre notwendig gewordenen Sanierungsarbeiten der Schlossanlage beteiligte sich die Bayerische Landesstiftung bisher mit 307.000 €.