Als Gründer (1296) des, der heiligen Maria und dem hl. Augustinus geweihten Klosters, gelten neben Graf Berengar von Leonsberg und seiner Gemahlin Agnes von Pflug auch die Bayernherzöge Otto, Ludwig und Stephan. Der Stifter besiedelte das neu errichtete Kloster mit Augustiner-Eremitinnen.
Bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts war Niederviehbach Wallfahrtsstätte. Viele Votivtafeln erzählen noch vom gläubigen Sinn des Volkes. König Ludwig I. hatte 1847 das aufgehobene Augustinerinnenkloster auf die Bitten der damaligen Priorin Sr. M. Benedikta Bauer den Dominikanerinnen von Helig Kreuz in Regensburg mit der Auflage überlassen, hier eine Schule und ein Internat für Mädchen des bürgerlichen Standes einzurichten. Es begann eine neue Blütezeit des Klosters. Bis heute befindet sich die Realschule der Dominikanerinnen St. Maria a. d. Isar in der Trägerschaft des Klosters St. Maria.
Teile des jetzigen Dominikanerinnenklosters und der Schule stammen noch aus dem 15. Jahrhundert.
Nun sind Teile des Dachs am Ostbau des Klosters marode und müssen saniert werden. Die Bayerische Landestiftung unterstützt das Vorhaben mit 50.000 €.